Thuế nhập khẩu dược phẩm: Doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Việc Hoa Kỳ gần đây chính thức công bố chính sách thuế đối với hàng loạt quốc gia nhập khẩu vào Hoa Kỳ đã ảnh hưởng không nhỏ đến chuỗi cung ứng toàn cầu, trong đó có Việt Nam. Là quốc gia nhập khẩu phần lớn dược phẩm từ Hoa Kỳ, các quốc gia Châu Âu, … Việt Nam đứng trước nguy cơ chịu tác động về cả xuất khẩu và nhập khẩu khi giá đầu vào bị đẩy lên, trong khi các quy định về thuế nhập khẩu, chứng từ xuất xứ và ưu đãi thuế quan ngày càng được quản lý chặt chẽ hơn. Không nằm ngoài hệ quy chiếu, ngành dược cũng là một trong những ngành chịu tác động mạnh bởi chính sách thuế quan biến động từ các quốc gia. Trong bối cảnh đó, việc tuân thủ các quy định liên quan đến thuế nhập khẩu dược phẩm là yêu cầu bắt buộc để doanh nghiệp duy trì hoạt động ổn định, tránh bị truy thu thuế hoặc gián đoạn chuỗi cung ứng. Vậy đâu là những điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi nhập khẩu dược phẩm vào Việt Nam trong giai đoạn đầy biến động hiện nay?
anh-minh-hoa-thue-nhap-khau-duoc-pham-1748513030.jpg

Ảnh minh hoạ

1. Việt Nam sẽ có chính sách thuế nhập khẩu ưu đãi đối với ngành dược phẩm

Ngành dược phẩm hiện đang đóng vai trò thiết yếu trong việc bảo đảm an sinh xã hội và y tế cộng đồng. Tuy nhiên, thực trạng hiện nay cho thấy Việt Nam vẫn phụ thuộc phần lớn vào nguồn cung nguyên liệu và thuốc thành phẩm từ nước ngoài để sản xuất các loại thuốc đặc trị, thuốc biệt dược gốc. Theo số liệu thống kê, tổng kim ngạch nhập khẩu dược phẩm vào Việt Nam năm 2024 đạt gần 4,4 tỷ USD, tăng 27,9% so với năm 2023. Trong đó, Pháp là thị trường cung cấp thuốc lớn nhất cho Việt Nam, tiếp theo là Mỹ, Đức, Ấn Độ, và các quốc gia như Hàn Quốc, Bỉ, Ireland, Áo, Tây Ban Nha, Thụy Điển,...[1].

Đáng lưu ý, trong khi Việt Nam đã tự chủ được phần lớn thuốc điều trị thông thường thì khoảng 90% nguyên liệu làm thuốc và phần lớn thuốc đặc trị, thuốc thiết yếu vẫn phải nhập khẩu. Việc bổ sung các chính sách ưu đãi thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu làm thuốc, bao bì, tá dược, vỏ nang và các thành phần chưa được sản xuất trong nước đã và đang được đặt ra[2]. Mới nhất, Luật Dược năm 2024 cũng đã khẳng định chiến lược trong việc ban hành chính sách hỗ trợ và ưu đãi đối với thuốc hiếm, thuốc công nghệ cao, biệt dược gốc, vắc-xin,..., nhất là các sản phẩm được chuyển giao công nghệ sản xuất tại Việt Nam hoặc những loại dược phẩm mà Việt Nam chưa có khả năng sản xuất nội địa.

2. Lưu ý cho doanh nghiệp nhập khẩu dược phẩm

Mặc dù Nghị định 73/2025/NĐ-CP có điều chỉnh một số mức thuế suất ưu đãi, nhưng tác động không đáng kể đến nhóm dược phẩm. Trong khi đó, Việt Nam đã tham gia 17 hiệp định thương mại tự do (FTA) với nhiều quốc gia và vùng lãnh thổ, kèm theo đó là hệ thống biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt được ban hành riêng cho từng hiệp định. Do đó, thuế suất ưu đãi theo các FTA là yếu tố mà doanh nghiệp nên cân nhắc khi xây dựng chiến lược nhập khẩu và tối ưu chi phí thuế. Theo đó, nhiều mặt hàng trong nhóm dược phẩm, bao gồm thuốc thành phẩm, tá dược, bao bì, nguyên liệu sản xuất thuốc,... đang được áp dụng mức thuế suất nhập khẩu 0% trong các biểu thuế ưu đãi ACFTA, AKFTA, AJCEP, AIFTA, CPTPP,... Việc tận dụng hiệu quả các ưu đãi thuế này không chỉ giúp doanh nghiệp giảm chi phí đầu vào mà còn tăng khả năng cạnh tranh cho sản phẩm dược trong nước. Do đó, doanh nghiệp cần chủ động rà soát các biểu thuế FTA hiện hành cũng như danh mục hàng hóa được hưởng ưu đãi để đảm bảo tuân thủ và tối ưu hóa lợi ích thuế.

Đặc biệt, ngày 28/10/2024, Việt Nam đã ký kết Hiệp định Đối tác Kinh tế Toàn diện Việt Nam – Các Tiểu vương quốc Ả Rập Thống nhất (CEPA). UAE vốn không phải là thị trường cung ứng dược phẩm phổ biến trước đây đối với Việt Nam. Tuy nhiên, với hiệp định CEPA, cơ hội mở rộng thị trường nhập khẩu dược phẩm từ khu vực Trung Đông trở nên khả thi hơn, giúp đa dạng hóa nguồn cung, nhất là trong bối cảnh giá nguyên liệu đầu vào đang chịu áp lực tăng cao từ các thị trường truyền thống như Ấn Độ và Trung Quốc. Đây là cơ hội mà doanh nghiệp dược Việt Nam cần sớm nghiên cứu, tiếp cận và tận dụng thông qua việc tìm hiểu kỹ các điều khoản trong CEPA và chính sách thuế ưu đãi tương ứng.

2.1. Đảm bảo về xuất xứ hàng hóa

Một trong những điều kiện bắt buộc để doanh nghiệp được hưởng thuế suất ưu đãi theo các FTA là phải tuân thủ quy tắc xuất xứ ưu đãi. Đây là hệ thống các tiêu chí, quy định nhằm xác định quốc gia nơi hàng hóa được sản xuất hoặc có xuất xứ hợp pháp, áp dụng đối với hàng hóa luân chuyển giữa các quốc gia hoặc vùng lãnh thổ có ký kết hoặc gia nhập FTA với Việt Nam và có cam kết về ưu đãi thuế quan tương ứng. Căn cứ khoản 1 Điều 5 Thông tư 05/2018/TT-BCT, quy tắc xuất xứ ưu đãi được thực hiện theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên và theo hướng dẫn cụ thể của Bộ Công Thương.

Việc chứng minh xuất xứ ưu đãi của hàng hóa được thực hiện thông qua Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) phù hợp với từng hiệp định. Ví dụ, C/O mẫu E đối với ACFTA, C/O mẫu AJ đối với AJCEP, C/O mẫu CPTPP đối với CPTPP, ... Các C/O này phải được cấp đúng hình thức, đúng cơ quan có thẩm quyền và đi kèm hồ sơ nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan. Việc không đáp ứng đầy đủ hoặc kê khai sai thông tin liên quan đến xuất xứ có thể khiến hàng hóa không đủ điều kiện hưởng mức thuế nhập khẩu ưu đãi, dẫn đến phát sinh nghĩa vụ thuế cao hơn hoặc bị truy thu.

Ngoài ra, doanh nghiệp cần đảm bảo rằng hàng hóa nhập khẩu thực sự đáp ứng các tiêu chí xuất xứ như “xuất xứ thuần túy”, “chuyển đổi mã số hàng hóa” hay “giá trị gia tăng khu vực” tùy theo yêu cầu cụ thể của từng hiệp định. Do đó, doanh nghiệp nhập khẩu dược phẩm cần chủ động nghiên cứu kỹ nội dung quy tắc xuất xứ áp dụng trong từng FTA, phối hợp chặt chẽ với đối tác cung ứng nước ngoài và kiểm tra tính hợp lệ của bộ hồ sơ xuất xứ trước khi thực hiện thủ tục nhập khẩu, nhằm đảm bảo quyền lợi chính đáng của mình và tuân thủ đầy đủ nghĩa vụ pháp lý trong hoạt động nhập khẩu.

2.2. Các yêu cầu pháp lý khác

Bên cạnh các điều kiện về xuất xứ, doanh nghiệp nhập khẩu dược phẩm còn phải đáp ứng hàng loạt yêu cầu pháp lý và thực hiện đúng quy trình thủ tục hải quan. Trước hết, doanh nghiệp nhập khẩu phải được cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dược và có người phụ trách chuyên môn đáp ứng điều kiện hành nghề theo quy định của Luật Dược.

Khi thực hiện thủ tục nhập khẩu, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ, bao gồm: hợp đồng ngoại thương, hóa đơn thương mại, vận tải đơn, giấy chứng nhận xuất xứ (C/O), danh mục thuốc nhập khẩu, giấy phép lưu hành sản phẩm hoặc quyết định cấp số đăng ký lưu hành, và giấy phép hoạt động về thuốc và nguyên liệu làm thuốc tại Việt Nam (bản chính hoặc bản sao công chứng).

Ngoài ra, dược phẩm nhập khẩu thuộc đối tượng kiểm tra chuyên ngành trước khi thông quan, theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành. Doanh nghiệp phải đăng ký kiểm tra chất lượng, chuẩn bị hồ sơ chứng minh chất lượng, xuất xứ, nhãn mác, mẫu mã,… theo yêu cầu của Bộ Y tế và các cơ quan chuyên ngành. Thời gian kiểm tra thường kéo dài tối đa 10 ngày kể từ ngày lấy mẫu hoặc cấp giấy đăng ký, trừ khi có quy định khác.

Năm 2025 đánh dấu một giai đoạn điều chỉnh chính sách thuế nhập khẩu dược phẩm theo hướng tạo thuận lợi hơn cho doanh nghiệp, đặc biệt thông qua việc mở rộng áp dụng các hiệp định FTA. Tuy nhiên, để được hưởng lợi thực sự từ các ưu đãi này, doanh nghiệp cần nắm vững quy tắc xuất xứ, chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý và tuân thủ đúng thủ tục nhập khẩu. Việc chủ động cập nhật pháp luật và phối hợp chặt chẽ với cơ quan chức năng sẽ giúp doanh nghiệp vừa đảm bảo quyền lợi thuế, vừa tránh được các rủi ro pháp lý trong hoạt động nhập khẩu dược phẩm.

------------------------------

Tạ Phương Thảo (Công ty Luật TNHH HM&P)

Bạn đọc đặt tạp chí Pháp lý dài hạn vui lòng để lại thông tin